90% מהמחלות הפיזיולוגיות כוללות רכיב או מקור שהינו פסיכולוגי ומנטלי. לעיתים התודעה היא שיוצרת את הבעיה הפיזית, כמו במקרה של אלרגיה, ולעיתים היא מונעת או מעכבת את ההחלמה.  הפעלת הגורמים המנטליים הנכונים לשם החלמה טבעית עשויה לסייע בהשגת התוצאות המקסימליות מטיפול תרופתי או אלטרנטיבי, ומחקרים אף הוכיחו שגורמים מנטליים הם חלק מההסבר לשונות בין חולי סרטן שהחלימו לאלו שנפטרו, גורמים הניתנים לשינוי באמצעות NLP.

באמצעות שימוש ב שיטת Nlp ובהיפנוזה ניתן להגיע ישירות ללא מודע ולהתמודד עם המקור לבעיות הבריאות. בשל קשר נפש-גוף שינוי בהלך התודעה שלנו מביא לשינוי אוטומטי גם בהרגשה, לרפא אלרגיות, לרדת במשקל, לטפל בסוכרת ואפילו להיטיב את מצבם של חולי סרטן.  לימוד NLP מסייע בשינוי התבניות המסייעות לאנשים להצליח ומשנה את תבניות החשיבה התורמות להתפתחות המחלה ומונעות את ההחלמה.

קיימות אפליקציות רבות ומגוונות של NLP הקשורות לתחום הריפוי ועובדות יחד עם שיטות טיפוליות קונבנציונליות ואף מעצימות אותם. השילוב של nlp בטיפול נוגע בעצם בשורש הבעיה בעוד הרפואה הקונבנציונלית מרפאת בו בזמן את הסימפטומים השונים שלה. לאמונות שלנו לגבי היכולת להתרפא יש משמעות עמוקה וחשובה בריפוי שלנו והם אף עשויים לסייע במקרים חסרי סיכוי לחלוטין. אחת הדוגמאות לכך היא חזרתו של מג'יק ג'ונסון לפעילות ספורטיבית לאחר שנדבק באיידס. החיוביות שהפגין בהלך המחשבה והרצון שהניע אותו לחזור לפעילות ולא לוותר על חייו הוא שסייע לכך להתגשם.

על השפעת הנפש על הגוף דבר גם זיגמונד פרויד כאשר הוא אבחן כי היסטריה המתבטאת בשיתוקים או בפעולות פיזיות לא רצוניות נובעת למעשה מהפרת האיזון הנפשי ומהעדר  סכמה המאפשרת להתמודד איתו. ה- nlp מתכנת מחדש את אופן החשיבה ואופן הביטוי הפנימי והחיצוני שלנו ונותן לנו את הכלים להתמודד עם סכמות לא מוכרות. מדובר אולי בשינוי שנראה קטן, אבל היכולות שלו להסיט את מסלול חיינו לאפיק חדש עצומות ומוכחות שוב ושוב.
במחקר שנעשה על 100 חולי סרטן שהוגדרו כסופניים אך החלימו ונהנו מחייהם 10 ו-12 שנה אחרי ההערכה האופטימית ביותר שנתנה להם, לא נמצאו נקודות משיקות מבחינת אופני הטיפול, שינוי התזונה, כניסתם לניתוח או הימנעות ממנו וכדומה. הדבר המשותף לכל אותם הנבדקים היה האמונה שלהם שדרך הטיפול הניתנת להם תצליח עבורם. מכאן, שהאמונה ולא הטיפול הם שעשו את ההבדל ומכיוון ש-Nlp עוסק בשינוי אמונות ודרכי חשיבה הוא אף עשוי להציל חיים.

nlp רואה במחשבות מכשילות סוג של נבואה המגשימה את עצמה. אנשים שנוטים לחשוב בדרך זו מורידים לעצמם את המוטיבציה לפעול ומקטינים בפועל את הסיכוי להצליח. כאשר מאמינים בדבר מה, חשים בו ומתנהגים באופן שתואם לאמונה ולהרגשה באופן מודע ולא מודע. מכיוון שלא מודע מקושר למערכות הפיזיולוגיות והחיסוניות מחשבות שליליות יכולות להחליש אותן, ואילו מחשבות חיוביות יכולות להפעיל את יכולות הריפוי הטבעיות של הגוף.

באמצעות לימוד NLP ניתן לשנות את האמונות המגבילות המשפיעות על הבריאות, לפתור קונפליקטים פנימיים שיוצרים בעיות פיזיולוגיות ורפואיות, ולשנות את תהליכי החשיבה כך שיתמכו באופן מלא בגישה חיובית לחיים המכוונת לקראת הצלחה ובריאות.